Apenas gobernou un mes e medio. Foi un dos artífices da lexislaxión laicista da I República. Naceu en Alhama la Seca (Almería), en 1837, vila que durante a II República sería rebautizada como Alhama de Salmerón. Estudiou Dereito e Filosofía e Letras en Granada, onde coincidiu con Francisco Giner de los Ríos. Ambolosdous recibirían da man de José Sanz del Río a influencia do pensamento krausista.
Impartiu cursos de Filosofía e Historia, obtendo a cátedra de Historia Universal na Universidade de Oviedo primeiro e a de Metafísica en Madrid despóis.
En vésperas da Revolución Gloriosa militaba no Partido Demócrata. As súas críticas aos Borbóns ao afirmar que o mantemento dunha soa familia lles costaba ao Estado trece millóns de pesetas, mentres que o sostenemento dos institutos de ensino supuña 10 millóns lle levaron ao cárcere.
Coa proclamación da República é nomeado Ministro de Gracia e Xustiza, sendo responsable da lexislación laicista do período. Partidario dun Estado republicano unitario fronte ao modelo federal, desde xullo de 1873 sustitúe a Pi i Margall na presidencia do poder executivo.
Desde as súas responsabilidades de goberno tivo que facer fronte ao levantamento cantonal. E foi precisamente a súa negativa a firmar as sentenzas de morte contra varios cantonalistas o motivo polo cal presentou a dimisión, pasando a ocupar a continuación a presidencia das Cortes.
Tralo golpe de Pavía e a restauración dos Borbóns foi despoxado da súa cátedra e tomou o camiño do exilio, establecéndose en París. Non abandonou as súas actividades políticas, pois xunto a outros exiliados como Ruiz Zorrilla contribúiu á formación do Partido Republicano Progresista.
Retorna a España en 1884, acolléndose á amnistía promulgada por Sagasta, e dous anos despóis é elexido deputado, mantendo unha presenza continuada nas Cortes ata 1907 e convertíndose na figura de referencia do republicanismo español. Por estas datas produciuse o seu achegamento ao catalanismo, ata o punto de ser elexido presidente de Solidaridat Catalana.
Morreu en Pau (Francia) en 1908. Deixou dito "La insurrección es el último, pero el más sagrado de todos los derechos".
